在李幼滋这个工部尚书积极负责官邸的设计与建造期间，少师兼五军都督府知枢密院事方逢时也已完成了对枢密院的组建工作，初步订立了枢密院与兵部各自在军事上的分工，也建立了初步的枢密院相应政务的运行制度。
本来是在兵部下辖兵政院进行学习的原贵州巡抚江一麟、云南左布政使金学曾、安庆知府叶梦熊等，直接就因此被方逢时奏请得皇帝同意而提前毕业，直接到枢密院任职；
而且，本是在后军都督府任佥书负责训练兵车营与在京卫武学负责训练武将的俞大猷，也被方逢时奏请得皇帝同意，以枢密副使的身份在枢密院任职；
另外，方逢时还从兵部抽调了一些人，以此，组建起了枢密院的基本框架。
因为枢密院是五军都督府下辖掌军机之处，故而方逢时就以此为由，吸纳了武将俞大猷进入枢密院体系，参与武臣铨叙。
而方逢时让俞大猷进入枢密院，既是因为他同张居正一样重视武将，也因为他知道俞大猷在浙江打过仗，还任过浙江总兵官，而有意借助俞大猷对浙江武臣体系的了解，尽快达到在浙江抓走一大批因是江南豪绅家奴背景的武臣后，能迅速起用一批武将而填充浙江整个武臣体系的目的。
与戚继光不同，俞大猷不善于与文臣打交道，所以导致他屡次在仕途上受挫，也就使得他的许多旧部也因他的境遇不好而多被革职。
如今方逢时则有意让俞大猷有荐举自己旧部被重新起用的机会。
在方逢时看来，俞大猷是清廉忠直的，那其旧部也应该差不了多少。
俞大猷自然也愿意拉自己旧部一把，便遵从了方逢时的钧示，举荐了自己不少可靠的旧部去浙江充任空缺下来的武臣官，乃至在西南的一些处于空缺状态的武臣位置。
如此一来，因为江南豪绅拉拢张党内部一些贪官污吏，导致浙江和西南地区的许多武臣位置被安插了许多他们的人后，而被朝廷进行清理一空，造成的地方许多武臣位置空缺的问题，被迅速得到了解决。
可以说，江南豪绅们在浙江与西南安插的武臣在很短时间内就被全部更换。
暗中企图破坏新政的江南豪绅们，算盘算是竹篮打水一场空。
甚至新政还因此得到进一步展开的机会。
比如官邸制度的确立，与武官铨叙和军机归五军都督府的事。
方逢时现在就因为，原先只由兵部独自承担的各类兵政，改由枢密院与兵部分别承担，而不用再既负
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